Menurut cerita dan tutur dari seorang yang dianggap mengetahui dan tetua desa, melacak sejarah Desa Pengabean tidaklah mudah karena tidak adanya bukti sejarah maupun prasasti yang ditinggalkan. Nama Pengabean diambil dari seorang yang bernama Mbah Ngabei, beliau adalah seorang Akuwu dari kerajaan Majapahit. Sepak terjangnya di masyarakat kala itu sangatlah baik dan dalam menjalankan kehidupannya sangatlah bersahaja dan atas dasar itulah masyarakat setempat kala itu sepakat nama Mbah Ngabei dijadikan sebuah nama perkampungan/dusun Pengabean sampai sekarang. Namun secara pasti sejarah berdirinya Desa Pengabean tidak ada yang tahu sampai sekarang.
Kemudian secara berurutan Kepala Desa Pengabean yang memerintah adalah :
| NO. | NAMA | TAHUN | KETERANGAN |
| 1 | SUKARDI | 1936 – 1974 | |
| 2 | ISMAIL RAHARDJO | 1974 – 1989 | |
| 3 | ABDUL HAMID | 1989 – 2007 | |
| 4 | FARIKHI | 2007 – 2013 | |
| 5 | AKHMAD SAEKHU | 2013 – sekarang |